黃偉哲市長表示，台南不僅是眾神之都，更是文化之都，不僅處處有宮廟神祇，在都市開發過程中也經常挖掘到文物，可謂「舉頭三尺有神明，掘地三尺有文化」，他感謝產官學界人士長久以來地付出，造就這座相當具教育意義的考古館，讓後代子孫有機會瞭解過去與現在，未來市府也將思考串聯全市博物館，使台南成為博物館之都。

曾任台南市代理市長的行政院李孟諺秘書長致詞時說，文化能夠讓一座城市變得偉大，台南就是這樣的城市。他表示今(108)年是台南的博物館豐收年，自年初到目前已有四個館開幕營運。整個台南的公、民營博物館加起來有近50個，中央與地方將會同心協力推廣，讓民眾獲得豐富的文化體驗。

鄭麗君部長表示，由產官學界共同努力打造的考古館終於開幕，這一刻大家等了20多年。她期許南科考古館不僅是作為展示的博物館，更將是考古專業的研究機構，能與國內外學術社群連結，將台灣與世界文明發展的變遷與足跡連結在一起。

文化局表示，南科及其周邊土地先後發現了58處，涵蓋5000年至300年前的史前文化遺址，涉及六大考古文化（大坌坑文化、牛稠子文化、大湖文化、蔦松文化、西拉雅文化、明清漢人文化），保存臺南地區史前文化的各個發展階段，對於臺南地區古代人類生活文化史和古生態環境的了解及重建，是極為重要性的資料，具有很大的學術和教育價值。南科考古遺址群自1995年開挖迄今，已搶救發掘至少36處，更可稱得上是全國最完整、分布最廣、出土最密集遺址。

文化局指出，南科出土遺物數量驚人，種類豐富，包含陶器、石器、玉器等文化遺物，植物種子和動物骨骸等生物遺物，迄今超過1,100萬件。目前已整理24處遺址出土文物，件數約500萬件，持續增加中。

今日開幕活動當中，包括當年極力爭取考古館的前台南縣長蘇煥智、立法委員郭國文，及台南市議員谷慕哈就、Ingay Tali(穎艾達利)、林志展、許又仁、林志聰也親自出席共襄盛舉。