為提升校園防疫能量及學生自我保護力，臺南市教育局於5月17日接到國教署公文通知安排5-17歲BNT疫苗校園接種事宜後，積極與衛生局安排校園集中接種期程，本次預定施打期程為5月27日至6月14日，施打對象包含12至17歲未完成基礎劑第一、二劑施打及符合施打追加劑第一劑之學生，以及5至11歲基礎劑第一劑之學童，未選擇本次校園集中方案或未能於期程內配合施打者，仍可由家長帶學生至衛生局指定之合約醫療院所辦理接種作業。
 
臺南市長黃偉哲表示，南市已啟動本次5至17歲BNT學生疫苗施打的相關準備，從5月17日起已陸續通知本市所屬國中小、公私立幼兒園協助發放疫苗接種意願書給學童及家長，提醒家長務必詳讀接種須知，國中意願書預計於5月23日回收統計完成，另考量國小6至12歲及幼兒園5足歲未入小學的學童為首次施打，將給予家長7日時間充分思考，意願書預計於5月25日回收統計完成，也會同步進行醫療院所入校施打疫苗的行程媒合，確定在意願調查後即可安排施打，及早提升學生保護力。
 
教育局鄭新輝局長表示，黃市長也非常關心國小滿12足歲未施打疫苗的學生，特別指示本次國小疫苗集中施打對象應包含12足歲學生，減輕家長需要額外帶學生到合約醫療院所接種疫苗的不便。鄭局長也特別強調，國小5至11歲及滿12足歲學生的疫苗劑量不一樣，同時間進行校內施打時須謹慎規劃施打對象分流工作，以確保疫苗施打的安全性，經衛生局協調後，將針對疫苗施打分流規劃召開說明會議，責成學校務必妥善安排施打動線及做好分流工作。
 
教育局最後說明，提醒學生接種疫苗前應注意身體狀況、多喝水、前1日多休息、當日不空腹，接種後2週應避免從事激烈運動，如果有嚴重過敏反應(如：呼吸困難、氣喘、連續發燒48小時以上、身體紅疹等)，應立即就醫並告知曾接種新冠疫苗；比照過去12-17歲國高中施打情形，接種後若有身體不適，可自接種日起給予3日疫苗假，不列入出缺席紀錄 。同時，家長如果於學生接種疫苗後，欲將學生接回休息，亦可至學校指定之區域等候。