108年12月31日大陸武漢肺炎傳出爆發訊息之後，嘉義市政府隨即啟動整備工作，109年1月15日衛生局召開12家醫院應變整備說明會，並於1月22 日由衛生局結合消防局於本市衛生福利部嘉義醫院辦理本市「嚴重特殊傳染性肺炎」疑似個案收治動線及卸除清消救護車教育訓練，降低傳播風險。嘉義市各項防疫工作早已多面向進行整備工作超前佈署。

1月21日國內第一例境外新冠肺炎個案確診，雖非位於嘉義市惟市長黃敏惠考量過年期間人潮大量流動，本於料敵從寬禦敵從嚴的精神，隨即於除夕當日(1月24日)召集相關局處(區)長以高規格成立嘉義市應變指揮中心，藉由提前擴大佈署，為市民健康把關。

截至2月27日止已召開四次應變指揮中心會議，每次皆由黃敏惠市長親自主持，以「嚴堵疫情」、「調度物資」、「安定民生」三大方向著手，這段期間衛生局嚴密監控疫情，結合民政處追蹤管理居家檢疫及居家隔離個案，盤點調度各項防疫物資，並與各醫院保持密切聯繫，建置本市就醫分流機制，人口密集機構進行感染管制作業。
 

配合中央推動口罩實名制作業，衛生局亦與藥師公會結合推出「口罩銷售狀況」告示牌，請藥局明確揭示口罩供應狀況，讓民眾不白跑，降低恐慌。智慧科技處也馬上更新原本的愛嘉義APP，用手機就可以找尋最近健保藥局地點，還有導航功能與口罩銷售時間，並結合嘉義城隍廟、九華山地藏庵致贈神明加持過的防疫平安皂20萬份，讓民眾到藥局、衛生所買口罩酒精時可免費領取，鼓勵民眾勤洗手做好防疫工作。

教育處也與國中小、幼兒園、補教機構等多次召開防疫會議，共商防疫對策，同時要求各級學校、公私立幼兒園與補教業者務必落實防疫作為，也於開學日同步發行「學生健康管理護照」落實學生自主量體溫，做好分流措施，教育及強化學生防疫觀念。

建設處與觀光新聞處除積極推動各業者落實防疫、消毒各項作為，消保官並隨時監控防疫物資與其他民生物資的價格穩定性。並協助觀光產業推出「防疫用心、服務貼心、住的放心、玩得開心、消費安心、旅遊最暖心」6心旅遊。

另為確保民眾於居家檢疫/居家隔離期間能獲得各項生活、心理及就醫支持，衛生局、民政處、環保局、東西區公所及警察局互相合作，於1月27日配合中央居家檢疫/居家隔離政策，即建立各項資源管道，嘉義市政府全力提供民眾於檢疫或隔離期間在生活上必要或緊急協助，包括就醫服務、送餐服務、倒垃圾服務。市府將自3月1日起正式成立｢嘉義市政府居家檢疫/隔離關懷服務中心」，並將分送防疫安心包給居家檢疫/隔離之民眾，內容有14片口罩、漂白水、平安皂、防疫衛教資訊及運動彈力帶等，另外，若民眾有心理諮商之需求，亦有心理諮商人員可以提供線上服務。陪伴民眾，降低檢疫隔離者的壓力與不安。